Na úvod porovnejme kořenové čistírny s konvenčními biomechanickými aktivačními čistírnami. Hlavní rozdíl je patrný nejenom v rychlosti čištění, ale také v objemu samotného čištění.
U aktivačních čistíren celý proces probíhá v malém objemu vody a trvá několik hodin. U kořenové ČOV čištění vody zajišťují organismy, které žijí na štěrkové náplni kořenového filtru a na kořenech mokřadních rostlin, stejně jako ve volné přírodě. Čištění probíhá ve velkém objemu filtru po dobu několika dní za působení fyzikálních, chemických a biologických procesů. Vyčištěná voda je odváděna buď do vodoteče (potok, řeka), nebo se zasakuje do terénu. Ovšem nabízí se tu i její využití pro zalévání zahrady či splachování WC.
